Le doctorant sera en charge de traiter les prélèvements de tartre ancien et de pulpes dentaires anciennes issues de charnier de combattants français et de populations civiles de différents sites archéologiques et différentes datations mis à disposition du doctorant par des collaborations avec différentes équipes d'archéologues. Il étudiera le microbiote du tartre ancien et de la pulpe dentaire ancienne et ses recherches seront plus particulièrement axées sur l'étude des archaea et nanoarchaea. Pour se faire, il sera amené à utiliser différentes techniques et méthodes telles que la biologie moléculaire (PCR, métagénomique, FISH), la microscopie, la protéomique. Des études antérieures nous ont permis de mettre en évidence un répertoire d'archaea jusque là inconnu, trouvé dans la cavité buccale des populations passées. Elles nous ont également permis de constater une diminution de la diversité de certaines espèces d'archaea dans le temps. En effet la prévalence de méthanobrevibacter oralis est spécifiquement plus faible dans les populations passées que dans les populations modernes. Par ailleurs la découverte récente de nanoarchaea chez l'homme à partir d'échantillons issus de la cavité orale par notre équipe de recherche, a permis de mettre au point des protocoles définis nous permettant à présent, de les détecter sur les échantillons anciens. Nous pouvons donc trouver davantage d'espèces d'archaea et nanoarchaea sur les populations anciennes. Cette étude permettrait d'apporter des éléments de connaissance importants sur la composition du microbiote oral et les conséquences sur les pathologies associées.
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