L’olivier (Olea europaea) est une espèce emblématique de la Méditerranée en raison de son importance économique, culturelle et écologique. Cependant, les changements socio-économiques et climatiques à l’échelle globale menacent aujourd’hui sa culture, ce qui pourrait entraîner des répercussions sur l’économie des principales régions oléicoles. L’intensification des pratiques agricoles au cours des dernières décennies a, en particulier, provoqué une érosion alarmante de la diversité au sein des vergers. Or, cette diversité est essentielle à la durabilité de la filière oléicole ; elle permet d’anticiper et gérer la résilience des cultures et de leurs exploitations face aux futurs changements globaux, et d’assurer la conservation du patrimoine génétique de l’olivier. Une meilleure gestion des ressources génétiques de l’olivier nécessite aussi une bonne connaissance de l’architecture génétique des variétés cultivées, mais celle-ci reste encore peu étudiée, et il est donc nécessaire de la caractériser. L’olivier cultivé présente une diversification complexe. En effet, trois pools génétiques principaux ont été identifiés à travers le bassin méditerranéen. Situées entre deux grandes zones de diversification, les régions du sud-est de la France ont ainsi été marquées par des apports génétiques contrastés en provenance de l’est (Italie pour PACA-Corse) et de l’ouest (Espagne pour l’Occitanie). Par ailleurs, à partir d’analyses génétiques, il a été démontré que certaines variétés anciennes ont joué un rôle clé en tant que progénitrices majeures des variétés actuellement cultivées, impliquant un nombre limité de générations depuis l’Antiquité. Ce projet de thèse appliquera la génétique/génomique ancienne et moderne (microsatellites, SNPs, génomes) afin d’explorer et de caractériser les origines et l’histoire du patrimoine oléicole français en PACA, en Occitanie et en Corse. Il s’inscrit dans la continuité des projets Gen4Olive, PatrimOlea et MICA. Différentes problématiques pourront être abordées, telles (1) qu’affiner la chronologie du processus de diversification de l’olivier cultivé en datant l’arrivée de variétés fondatrices majeures, et (2) de considérer les filiations entre variétés pour mesurer l’impact de la domestication sur des locus contrôlant des traits d’intérêt hautement héritables (tel que le locus S sur les compatibilités de croisement entre génotypes). Ce travail nécessitera la confrontation de pédigrées à des données archéo-génomiques, et utilisera une base de données disponible et exhaustive qui sera complétée par de nouvelles données génomiques que nous générerons à partir d’échantillons aussi bien modernes qu’anciens (datant de 2500-500 ans avant le présent). D’un point de vue historique, nos travaux permettront d’estimer l’ancienneté des variétés et de mieux comprendre le processus de diversification au niveau régional. À terme, ces recherches permettront à la fois une meilleure gestion des ressources génétiques de l’olivier et d’évaluer l’impact de la domestication sur certaines régions du génome portant des gènes d’intérêt.
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